El Presidente, o en su caso la Presidenta, ostenta la representación legal de CONFER ante las autoridades, tanto eclesiásticas como civiles y le competen atribuciones directivas y ejecutivas.  

Es elegido por la Asamblea General de entre los Superiores Mayores que son miembros de la CONFER, por un período de cuatro años, y se le puede reelegir por una sola vez consecutiva. Aunque cese en su cargo de Superior Mayor, podrá seguir ejerciendo la presidencia hasta el final de su mandato de cuatro años para el que fue elegida. (Art. 30.1 de los Estatutos)  

Entre sus funciones se pueden destacar la de convocar y presidir el Consejo General y la Asamblea General en nombre del mismo; cuidar la ejecución de sus acuerdos; informar a la Congregación para los Institutos de Vida Consagrada y Sociedades de Vida Apostólica acerca de las actividades de la CONFER; representar oficialmente a la CONFER ante cualquier Institución o autoridad y en toda clase de actos, contratos y negocios jurídicos que deban realizarse en nombre de CONFER, y en todos los asuntos gubernativos, administrativos y judiciales.

El Vicepresidente, o en su caso la Vicepresidenta, ejerce interinamente las funciones de la Presidenta en caso de que el cargo quede vacante hasta la celebración de la siguiente Asamblea General. También desempeña las funciones que le pueda delegar la Presidenta.  

De la misma manera que la Presidenta, el Vicepresidente es elegido por la Asamblea General de entre los Superiores Mayores que son miembros de la CONFER, por un período de cuatro años, y se le puede reelegir por una sola vez consecutiva. Así mismo, aunque cese en su cargo de Superior Mayor podrá seguir ejerciendo la Vicepresidencia hasta el final de su mandato de cuatro años para el que fue elegido.  

Cuando resulte elegida para la Presidencia una mujer, la elección de la Vicepresidencia deberá caer sobre un hombre y viceversa.